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软件名称 软件介绍 学科分类
AutoDock Autodock是一款开源的分子模拟软件,最主要应用于执行配体—蛋白分子对接。它由Scripps研究所的Olson实验室开发与维护。 分子模拟
Blast Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即“基于局部比对算法的搜索工具”,由Altschul等人于1990年发布。Blast能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低。Blast具有较快的比对速度和较高的比对精度,适用于多种序列比对的情况,在常规双序列比对分析中应用最为广泛。 基因对比
CP2K CP2K是一款著名的从头算分子动力学软件。和CPMD很像,CP2K也是基于密度泛函理论(DFT),但可以计算更大的体系。CP2K采用多种交换关联势。 主要用来研究计算固态、液体、分子和生物体系的原子和分子模拟。P2K也具有相对不错的扩展性,是相关研究人员的得力助手。官网:http://www.cp2k.org/ 分子模拟
CPMD CPMD是由IBM公司和马克斯-普朗克研究中心共同开发的一款用于对分子、原子和材料等研究的大型从头算模拟软件。对于非赢利的学术机构是可以免费提供源代码的,而对于商业组织则需要像IBM公司申请许可。CPMD可以用来计算孤立体系和周期性边界(晶体等)体系的物理、化学性质;可以对体系做几何优化并寻找化学反应过渡态;还可以计算体系的激发态性质。因此,CPMD是一款功能强大的从头算科学模拟软件,广泛使用在材料物理、化学、大分子生物学的研究上。官网:http://www.cpmd.org/ 分子模拟
cuda_compiler CUDA(Compute Unified Device Architecture),是显卡厂商NVIDIA推出的运算平台。 CUDA是一种由NVIDIA推出的通用并行计算架构,该架构使GPU能够解决复杂的计算问题。 它包含了CUDA指令集架构(ISA)以及GPU内部的并行计算引擎。 编译器
DL_POLY DL_POLY is a general purpose classical molecular dynamics (MD) simulation software developed at Daresbury Laboratory by I.T. Todorov and W. Smith. http://www.stfc.ac.uk/SCD/44516.aspx 分子模拟
DOCK DOCK是Kuntz研究小组发展的分子对接程序,可能是目前应用最为广泛的分子对接程序之一。DOCK可以自动地模拟配体分子在受体活性位点的作用情况,并把理论预测最佳的方式记录下来。而且该方法能够对配体的三维结构数据库进行自动搜索,因此被广泛应用于基于受体结构的数据库搜索的药物设计中,并取得了巨大的成功。 分子对接
EspressoMD Espresso是软物质分子动力学模拟程序,以计算静电相互作用见长。 ESPRESSO是一个高度通用的,进行和分析粗粒度原子模型或珠簧模型(因为它们常用于物理、化学以及分子生物学领域中的软物质研究)的分子动力学软件包。该软件可以被用来模拟诸如聚合物,液晶,胶体,铁磁流体和生物系统的系统(如DNA和脂质膜)。ESPRESSO是GNU通用公共许可证(GPL)下发布的免费的开源软件。该软件是并行的,可以在台式机上、数百个CPU集群,也包括超级计算机。并行代码是通过脚本语言TCL控制,使该软件具有较大的灵活性。官网:http://espressomd.org/ 分子模拟
GAMESS 从头计算量子化学程序。可以从RHF,ROHF,UHF,GVB和MCSCF计算波函,其中一些使用CI和MP2修正。自恰场的解析梯度用于自动几 何优化,过渡态寻找,跟踪反应路径。能量hessian的计 算允许预测振动频率。可以计算大量的分子特性,从简单的偶极矩到含频率超级极化率。内部储存了大量基组和有效芯势,分子中可以包含到Ra的所有元素。几个图形程序用于显示最终结果。支持并行计算。官网:http://www.msg.ameslab.gov/gamess/ 量子化学
gnu_compiler 图形处理器(Graphics Processing Unit,缩写:GPU),又称显示核心、视觉处理器、显示芯片,是一种专门在个人电脑、工作站、游戏机和一些移动设备(如平板电脑、智能手机等)上图像运算工作的微处理器。 编译器
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